Jádro této stránky představují státnicové okruhy vypracované studenty Biofyziky, kteří státnicovali na jaře 2013. <br>
Disclaimer: okruhy mají kolísající kvalitu (míru podrobnosti, souvislosti s realitou atd.)<br>
<span style="color:red">Stáhnout najednou většinu Společných požadavků a Biofyziky:</span> [http://uloz.to/xHKftntg/statnicove-otazky-biofyzika-rocniku-2012-2013-rar]
==Společné požadavky==
====Pokročilá kvantová mechanika====
*Variační princip a poruchový počet [http://uloz.to/x9jXNqjS/variacni-a-poruchovy-pocet-pdf]
*Symetrie vlnové funkce, bosony a fermiony [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Symetrie_vlnove_funkce,_fermiony,_bosony_Pepa.pdf]
*Pauliho princip [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Pauliho_princip.pdf]
*Symetrie a zákony zachování (verze 1 [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Symetrie-a-zakony-zachovani_1_Pepa.pdf], verze 2 [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Symetrie_a_zakony_zachovani_2_kuba.pdf])
*Štěpení hladin při snížení symetrie [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Stepeni_hladin_pri_snizeni_symetrie_kuba.pdf]
*Oddělení pohybu elektronů a jader [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Oddeleni_pohybu_e_a_jader_adam.pdf]
*Jednočásticová aproximace [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Jednocasticova_aproximace_adam.pdf]
*Hladiny atomů, molekul a pevných látek [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Hladiny_atom%C5%AF_molek_pev_petrSed.pdf]
*Typy vazeb v molekulách a kondenzovaných systémech [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Typy_vazeb_v_molekul%C3%A1ch_a_kondenzovan%C3%BDch_soustav%C3%A1ch_petrSed.pdf]
*Molekula vodíku [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Molekula_vod%C3%ADku_milos.pdf]
*Pauliho a Diracova rovnice [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Pauliho_a_Dirac_rovnice_milos.pdf]
*[[Orbitální a spinový moment hybnosti, jejich operátory a kvantování]]
*[[Skládání momentů hybnosti]]
*Orbitální a spinový magnetický moment a jejich interakce s vnějším polem [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Orbitalni_a_spinovy_moment,_interakce_s_MG_a_EL_polem.pdf]
*Druhé kvantování [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Druhe_kvantovani.pdf]
*Kvantování elektromagnetického pole [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Kvantovani_elmag_pole.pdf]
*Interakce elektromagnetického záření s látkou [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Interakce_elmag_z%C3%A1%C5%99en%C3%AD_s_l%C3%A1tkou_petrDvo.pdf]
*Zlaté pravidlo [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Zlatepravidlo_petrDvo.pdf]
*Absorpce, stimulovaná a spontánní emise [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Absorpce,_stimulovan%C3%A1_a_spont%C3%A1nn%C3%AD_emise_Martin.pdf]
*Výběrová pravidla (formát docx [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:V%C3%BDb%C4%9Brov%C3%A1_pravidla_Martin.docx] a pdf [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:V%C3%BDb%C4%9Brov%C3%A1_pravidla_Martin.pdf])
*[[Doby života kvantových stavů]]
*Šířka a tvar spektrální čáry [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Spektr%C3%A1ln%C3%AD_%C4%8D%C3%A1ra.pdf]
====Kvantová teorie molekul====
*[[Typy vazeb]]
*Bornova–Oppenheimerova a adiabatická aproximace [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Adiabat_aprox_a_born-opper.pdf]
*Vibrační a rotační spektra molekul [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Vibra%C4%8Dn%C3%AD_a_rota%C4%8Dn%C3%AD_spektra_molekul.pdf]
*Atomové a molekulové orbitaly [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Atomove_molekulove_orbitaly.pdf]
*Metoda LCAO a metoda valenčních vazeb [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Metoda_LCAO_valenc_vazb.pdf]
*Klasifikace elektronových hladin [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Klasifikace_elektronov%C3%BDch_hladin_milos.pdf]
*Hückelova metoda [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:H%C3%BCckelova_metoda.pdf]
*Hartreeho a Hartreeho–Fockovy rovnice [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Hatree_a_Hatree-Fock.pdf]
*Roothaanovy rovnice [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Roothaanovy_rovnice.pdf]
*Metoda konfigurační interakce [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Metoda_konfigura%C4%8Dn%C3%AD_interakce.pdf]
*Korelační energie [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Korelacnienergie.pdf]
*Přehled ab initio a semiempirických metod (formát docx [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:P%C5%99ehled_Ab_Initio_a_semiempirick%C3%BDch_metod.docx] a pdf [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:P%C5%99ehled_Ab_Initio_a_semiempirick%C3%BDch_metod.pdf])
*[[Slabé mezimolekulové interakce]]
====Termodynamika a statistická fyzika molekulárních soustav====
*Termodynamická rovnováha [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Termodynamick%C3%A1_rovnov%C3%A1ha_marek.pdf], stavové veličiny [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Stavov%C3%A9_veli%C4%8Diny_marek.pdf], hlavní termodynamické věty a jejich důsledky [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Termodyn._vety_marek.pdf]
*Termodynamické potenciály, podmínky rovnováhy a stability, fázové přechody [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Termodynamicke_potencialy_a_fazove_prechody.pdf]
*Popis nerovnovážných procesů [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Popis_nerovnovaznych_procesu-z_internetu.pdf]
*Statistický popis stavu, distribuční funkce a matice hustoty [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Statistick%C3%BD_popis_stavu_distFce_matiHust.pdf]
*Liouvilleova rovnice [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Liouvilleova_rovnice.pdf]
*[[Gibbsovy stacionární soubory, souborové středování, stavová suma]]
*Klasické a kvantové systémy neinteragujících částic, ideální plyny [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Klasick%C3%A9_a_kvantove_systemy_neinteragujicich_castic.pdf]
*Pauliho kinetická rovnice, zobecněná kinetická rovnice [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Pauliho_a_zobecnena_kineticka_rovnice.pdf]
====Základy molekulární fyziky====
*[[Typy základních intra- a intermolekulárních interakcí]]
*Konformace molekul (formát docx [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Konformace_molekul_Martin.docx] a pdf [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Konformace_molekul_Martin.pdf])
*[[Fázové stavy a přechody u molekulárních systémů]]
==Užší zaměření==
Student si volí okruh otázek odpovídající jeho zaměření.
===Biofyzika===
====Experimentální metody v biofyzice====
*Difrakce rentgenového záření, elektronů a neutronů + Principy základních difrakčních metod + Symetrie a struktura krystalů a jejich určení z difrakčního obrazu ( výcuc Miloš [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Difrakce_difMetody_symetrKrystalu_milos.pdf], 1. přednáška Pospíšil [http://uloz.to/xuHXqVSA/nbcm098-1prednaska-pospisil-pdf], 6. přednáška Pospíšil [http://uloz.to/xSCpEHU8/nbcm098-6prednaska-pospisil-pdf], 7. přednáška Pospíšil [http://uloz.to/xMPUBqPv/nbcm098-7prednaska-pospisil-pdf], skripta Baumruk - Teorie grup a molekulové vibrace [http://uloz.to/xCc9WacE/teorie-grup-a-molekulove-vibrace-pdf])
<br>
*[[Mnohoatomová molekula, její stacionární stavy a přechody mezi nimi]]
*[[Teoretické základy optické spektroskopie]]
*Projevy mezimolekulárních interakcí v optických spektrech [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Projevy_mezimol_interakce_v_opt_spektrech.pdf]
*Technika optické spektroskopie [http://uloz.to/xhCpfGYt/technika-opticke-spektroskopie-pdf]
*Elektronová absorpční spektroskopie [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Elektronova_a_absorbcni_spektroskopie,_Vibr._sp.,_Raman.pdf]
*[[Vibrační spektroskopie (absorpční a Ramanova rozptylu)]]
*Rozptyl elastický, kvazielastický a Brillouinův [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Rozptyl_elast,_inelast,_brillouinuv.pdf]
*Emisní spektroskopie [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Emisn%C3%AD_spektroskopie.pdf]
*Vlastní luminiscence biomolekul, fluorescenční sondy a značky [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Vlastn%C3%AD_luminiscence_biomolekul,_sondy,_zna%C4%8Dky.pdf]
*Polarizované světlo v optické spektroskopii [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Polarizovane_svetlo_v_opticke_spektroskopii.pdf]
*[[Časově rozlišená optická spektroskopie]]
*[[Mikroskopické techniky]]
<br>
*Gyromagnetická částice, jev magnetické rezonance [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Gyromag_castice,_jev_MR.pdf]
*Elektrické a magnetické momenty atomových jader, energie v elektrickém a magnetickém poli + Jaderný paramagnetismus, relaxační procesy (cástečně [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Energie_v_Elmag_poli,_jadern%C3%BD_Paramag.pdf])
*NMR spektroskopie vysokého rozlišení v kapalné a pevné fázi – spinový hamiltonián, typy interakci, projevy ve spektrech [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Nmr_v_kapaln%C3%A9_a_pevn%C3%A9_f%C3%A1zi.pdf]
*Dekapling, koherentní transfer polarizace, nukleární Overhauserův jev [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Dekapling,_koherentn%C3%AD_transfer_polarizacetrans,_nukle%C3%A1rn%C3%AD_Overhauser%C5%AFv_efekt.pdf]
*Jednodimenzionální a dvoudimenzionální pulzní NMR – koncepce, základní pulzní sekvence [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:1D_2D_NMR.pdf]
*Zobrazování MR – principy, typy obrazů [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Zobrazov%C3%A1n%C3%AD_MR_(MR_Imaging).pdf]
*ESR, spinový hamiltonián a spektra [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:ESR,_spinov%C3%BD_hamilt_a_spektra.pdf]
====Biochemie a molekulární biofyzika====
*Složení a struktura základních biomolekul (nukleové kyseliny, proteiny, sacharidy) [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Slozeni_zakladnich_biomolekul.pdf]
*Termodynamika fosfátových sloučenin [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Termodynamika_fosfatovych_sloucenin.pdf]
*Metabolizmus cukrů: Glykolýza a glykolytické reakce [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Glykolyza.pdf]
*Kvašení - anaerobní odbourávání cukrů [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Kva%C5%A1en%C3%AD.pdf]
*Pentozový cyklus [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Pentozovy_cyklus.pdf]
*Glukoneogeneze a Coriho cyklus [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Coriho_cyklus_a_glukoneogeneze.pdf]
*Aerobní odbourávání cukrů (+ oxid. fosforylace, transport elektronů v dýchacím řetězci, syntéza ATP) (formát docx [http://uloz.to/xZ5uQ7QT/aerobni-odbouravani-cukru-krebs-oxid-fosforylace-e-transportni-retezec-docx] a pdf [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Aerobn%C3%AD_odbour%C3%A1v%C3%A1n%C3%AD_cukr%C5%AF_(Krebs)_%2Boxid._fosforylace_(e-transportn%C3%AD_%C5%99et%C4%9Bzec).pdf])
*Vznik acetylkoenzymu A [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Vznik_acetylkoenzymu_A.pdf]
*[[Citrátový cyklus a jeho amfibolická povaha]]
*[[Termodynamika přenosu elektronů - redoxní potenciály]]
*Transport elektronů v dýchacím řetězci: ''viz Aerobní odbourávání cukrů''
*Oxidativní fosforylace - syntéza ATP: ''viz Aerobní odbourávání cukrů''
*Fotosyntéza (+ "dýchání a fotosyntéza, antény a reakční centra") [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Fotosynt%C3%A9za%2Bd%C3%BDch%C3%A1n%C3%AD_a_fotosynt%C3%A9za,_ant%C3%A9ny_a_reak._centra_atd.pdf]
*Biologické membrány, selektivní permeabilita biologických membrán, typy transportu biologickou membránou ( [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Biologick%C3%A9_membr%C3%A1ny,_selekt_permeabilita,_typy_transportu.pdf], transport membránou podrobněji: [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Typy_transportu_biologickou_membr%C3%A1nou_podrobneji.pdf])
<br>
*Buňka – struktura bakteriálních a eukaryotických buněk, organely, cytoskelet, buněčné dělení, reakce buňky na vnější signály [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Bunka,_organely,_deleni,_signalizace.pdf]
*[[Molekulární genetika – genetická informace a její tok, metabolizmus DNA, genová exprese (transkripce, post-transkripční modifikace, translace), vnitrobuněčná distribuce a úpravy proteinů, regulace genové exprese]]
*Metody studia DNA (sekvenace) a genové exprese (na úrovni mRNA i proteinu), genové inženýrství (rekombinantní DNA in vitro, transgeneze organizmů) [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Metody_studia_DNA_a_genov%C3%A9_exprese_(chybi_gen_inzenyrstvi).pdf] ('''POZOR''', chybí genové inženýrství)
<br>
*[[Přenos energie na buněčné úrovni]]
*[[Přenos chemické energie]]
*[[Typy transportu biologickou membránou]]
*[[Bioelektrické jevy]]
*Dýchání a fotosyntéza, struktura a funkce antén a reakčních center, energetika transportu elektronů a protonů: ''viz otázka "Fotosyntéza"''
*Role singletního kyslíku ve fotosyntéze a ve fotodynamické terapii [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Role_Singletn%C3%ADho_kysl%C3%ADku_ve_fotosynt_a_fotodyn_terap.pdf]
*Přeměna chemické energie v mechanickou (formát docx [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:P%C5%99em%C4%9Bna_chemick%C3%A9_energie_v_mechanickou.docx] a pdf [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:P%C5%99em%C4%9Bna_chemick%C3%A9_energie_v_mechanickou.pdf])
*Bioenergetika vidění [http://uloz.to/x6k1NoNf/bioenergetika-videni-pdf]
===Chemická fyzika===
====Experimentální metody====
Difrakce rentgenového a synchrotronového záření, elektronů a neutronů. Principy základních difrakčních metod. Symetrie a struktura krystalů a jejich určení z difrakčního obrazu. Elektronová mikroskopie. Magnetická rezonance. Princip spektrometru. Spektra NMR organických látek. EPR volných radikálů. Teoretické základy a technika optické spektroskopie. Mnohoatomová molekula, rotační, vibrační a elektronové stavy molekul. Měření absorpčních spekter. Vibrační absorpční spektroskopie a chiroptické metody. Rozptyl elastický, kvazielastický, Ramanův. Metody emisní spektroskopie. Přechody v mnohaelektronových molekulách. Kinetika luminiscence a kvantový výtěžek. Polarizovaná luminiscence. Vliv mezimolekulárních interakcí na parametry luminiscence. Teoretická interpretace optických spekter.
====Struktura kondenzovaných soustav a spektroskopické metody====
Struktura a symetrie molekul, biopolymerů, nadmolekulárních struktur a pevných látek. Určování struktur molekul a pevných látek. Kinetika chemických reakcí, katalýza. Laserové spektroskopické metody. Časově rozlišená optická spektroskopie. Ozónová díra a singletní kyslík.
===Teorie molekulárních systémů===
====Molekulární simulace v chemické fyzice====
Molekulární mechanika a dynamika. Empirická silová pole. Strategie modelování supramolekulárních systémů a krystalů a predikce jejich fyzikálních, chemických a biologických vlastností. Aplikace v materiálovém výzkumu. Porovnání modelů s experimentem.
====Ab initio výpočty v chemii a biochemii====
Metody výpočtu korelačních energií: konfigurační interakce, vázané klastry, poruchová teorie. Aplikace na biochemické systémy a slabé mezimolekulové interakce. Klasická a kvantová molekulová dynamika. Symetrie molekul.
====Základy molekulární spektroskopie====
Přehled hlavních spektroskopických metod. Elektronová spektroskopie organických molekul. Vlastnosti a deaktivace excitovaných stavů. Teoretická interpretace experimentálních výsledků.
