==Společné požadavky==
====Pokročilá kvantová mechanika====
*[[Variační princip a poruchový počet]]
*[[Symetrie vlnové funkce, bosony a fermiony]]
*[[Pauliho princip]]
*[[Symetrie a zákony zachování]]
*[[Štěpení hladin při snížení symetrie]]
*[[Oddělení pohybu elektronů a jader]]
*[[Jednočásticová aproximace]]
*[[Hladiny atomů, molekul a pevných látek]]
*[[Typy vazeb v molekulách a kondenzovaných systémech]]
*[[Molekula vodíku]]
*[[Pauliho a Diracova rovnice]]
*[[Orbitální a spinový moment hybnosti, jejich operátory a kvantování]]
*[[Skládání momentů hybnosti]]
*[[Orbitální a spinový magnetický moment a jejich interakce s vnějším polem]]
*[[http://wiki.matfyz.cz/images/f/fb/Druhe_kvantovani.pdf|Druhé kvantování]]
*[[Kvantování elektromagnetického pole]]
*[[Interakce elektromagnetického záření s látkou]]
*[[Zlaté pravidlo]]
*[[Absorpce, stimulovaná a spontánní emise]]
*[[Výběrová pravidla]]
*[[Doby života kvantových stavů]]
*[[Šířka a tvar spektrální čáry]]
====Kvantová teorie molekul====
*[[Typy vazeb]]
*[[Bornova–Oppenheimerova a adiabatická aproximace]]
*[[Vibrační a rotační spektra molekul]]
*[[Atomové a molekulové orbitaly]]
*[[Metoda LCAO a metoda valenčních vazeb]]
*[[Klasifikace elektronových hladin]]
*[[Hückelova metoda]]
*[[Hartreeho a Hartreeho–Fockovy rovnice]]
*[[Roothaanovy rovnice]]
*[[Metoda konfigurační interakce]]
*[[Korelační energie]]
*[[Přehled ab initio a semiempirických metod]]
*[[Slabé mezimolekulové interakce]]
====Termodynamika a statistická fyzika molekulárních soustav====
*[[Termodynamická rovnováha, stavové veličiny, hlavní termodynamické věty a jejich důsledky]]
*[[Termodynamické potenciály, podmínky rovnováhy a stability, fázové přechody]]
*[[Popis nerovnovážných procesů]]
*[[Statistický popis stavu, distribuční funkce a matice hustoty]]
*[[Liouvilleova rovnice]]
*[[Gibbsovy stacionární soubory, souborové středování, stavová suma]]
*[[Klasické a kvantové systémy neinteragujících částic, ideální plyny]]
*[[Pauliho kinetická rovnice, zobecněná kinetická rovnice]]
====Základy molekulární fyziky====
*[[Typy základních intra- a intermolekulárních interakcí]]
*[[Konformace molekul]]
*[[Fázové stavy a přechody u molekulárních systémů]]
==Užší zaměření==
Student si volí okruh otázek odpovídající jeho zaměření.
===Biofyzika===
====Experimentální metody v biofyzice====
*[[Difrakce rentgenového záření, elektronů a neutronů]]
*[[Principy základních difrakčních metod]]
*[[Symetrie a struktura krystalů a jejich určení z difrakčního obrazu]]
*[[Mnohoatomová molekula, její stacionární stavy a přechody mezi nimi]]
*[[Teoretické základy optické spektroskopie]]
*[[Projevy mezimolekulárních interakcí v optických spektrech]]
*[[Technika optické spektroskopie]]
*[[Elektronová absorpční spektroskopie]]
*[[Vibrační spektroskopie (absorpční a Ramanova rozptylu)]]
*[[Rozptyl elastický, kvazielastický a Brillouinův]]
*[[Emisní spektroskopie]]
*[[Vlastní luminiscence biomolekul, fluorescenční sondy a značky]]
*[[Polarizované světlo v optické spektroskopii]]
*[[Časově rozlišená optická spektroskopie]]
*[[Mikroskopické techniky]]
*[[Gyromagnetická částice, jev magnetické rezonance]]
*[[Elektrické a magnetické momenty atomových jader, energie v elektrickém a magnetickém poli]]
*[[Jaderný paramagnetismus, relaxační procesy]]
*[[NMR spektroskopie vysokého rozlišení v kapalné a pevné fázi – spinový hamiltonián, typy interakci, projevy ve spektrech]]
*[[Dekapling, koherentní transfer polarizace, nukleární Overhauserův jev]]
*[[Jednodimenzionální a dvoudimenzionální pulzní NMR – koncepce, základní pulzní sekvence]]
*[[Zobrazování MR – principy, typy obrazů]]
*[[ESR, spinový hamiltonián a spektra]]
====Biochemie a molekulární biofyzika====
*[[Složení a struktura základních biomolekul (nukleové kyseliny, proteiny, sacharidy)]]
*[[Termodynamika fosfátových sloučenin]]
*[[Metabolizmus cukrů: Glykolýza a glykolytické reakce]]
*[[Kvašení - anaerobní odbourávání cukrů]]
*[[Pentozový cyklus]]
*[[Glukoneogeneze a Coriho cyklus]]
*[[Aerobní odbourávání cukrů]]
*[[Vznik acetylkoenzymu A]]
*[[Citrátový cyklus a jeho amfibolická povaha]]
*[[Termodynamika přenosu elektronů - redoxní potenciály]]
*[[Transport elektronů v dýchacím řetězci]]
*[[Oxidativní fosforylace - syntéza ATP]]
*[[Fotosyntéza]]
*[[Biologické membrány, selektivní permeabilita biologických membrán, typy transportu biologickou membránou]]
*[[Buňka – struktura bakteriálních a eukaryotických buněk, organely, cytoskelet, buněčné dělení, reakce buňky na vnější signály]]
*[[Molekulární genetika – genetická informace a její tok, metabolizmus DNA, genová exprese (transkripce, post-transkripční modifikace, translace), vnitrobuněčná distribuce a úpravy proteinů, regulace genové exprese]]
*[[Metody studia DNA (sekvenace) a genové exprese (na úrovni mRNA i proteinu), genové inženýrství (rekombinantní DNA in vitro, transgenoze organizmů)]]
*[[Přenos energie na buněčné úrovni]]
*[[Přenos chemické energie]]
*[[Typy transportu biologickou membránou]]
*[[Bioelektrické jevy]]
*[[Dýchání a fotosyntéza, struktura a funkce antén a reakčních center, energetika transportu elektronů a protonů]]
*[[Role singletního kyslíku ve fotosyntéze a ve fotodynamické terapii]]
*[[Přeměna chemické energie v mechanickou]]
*[[Bioenergetika vidění]]
===Chemická fyzika===
====Experimentální metody====
Difrakce rentgenového a synchrotronového záření, elektronů a neutronů. Principy základních difrakčních metod. Symetrie a struktura krystalů a jejich určení z difrakčního obrazu. Elektronová mikroskopie. Magnetická rezonance. Princip spektrometru. Spektra NMR organických látek. EPR volných radikálů. Teoretické základy a technika optické spektroskopie. Mnohoatomová molekula, rotační, vibrační a elektronové stavy molekul. Měření absorpčních spekter. Vibrační absorpční spektroskopie a chiroptické metody. Rozptyl elastický, kvazielastický, Ramanův. Metody emisní spektroskopie. Přechody v mnohaelektronových molekulách. Kinetika luminiscence a kvantový výtěžek. Polarizovaná luminiscence. Vliv mezimolekulárních interakcí na parametry luminiscence. Teoretická interpretace optických spekter.
====Struktura kondenzovaných soustav a spektroskopické metody====
Struktura a symetrie molekul, biopolymerů, nadmolekulárních struktur a pevných látek. Určování struktur molekul a pevných látek. Kinetika chemických reakcí, katalýza. Laserové spektroskopické metody. Časově rozlišená optická spektroskopie. Ozónová díra a singletní kyslík.
===Teorie molekulárních systémů===
====Molekulární simulace v chemické fyzice====
Molekulární mechanika a dynamika. Empirická silová pole. Strategie modelování supramolekulárních systémů a krystalů a predikce jejich fyzikálních, chemických a biologických vlastností. Aplikace v materiálovém výzkumu. Porovnání modelů s experimentem.
====Ab initio výpočty v chemii a biochemii====
Metody výpočtu korelačních energií: konfigurační interakce, vázané klastry, poruchová teorie. Aplikace na biochemické systémy a slabé mezimolekulové interakce. Klasická a kvantová molekulová dynamika. Symetrie molekul.
====Základy molekulární spektroskopie====
Přehled hlavních spektroskopických metod. Elektronová spektroskopie organických molekul. Vlastnosti a deaktivace excitovaných stavů. Teoretická interpretace experimentálních výsledků.
