==Společné požadavky==
====Pokročilá kvantová mechanika====
*Variační princip a poruchový počet [http://uloz.to/x9jXNqjS/variacni-a-poruchovy-pocet-pdf]
*Symetrie vlnové funkce, bosony a fermiony [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Symetrie_vlnove_funkce,_fermiony,_bosony_Pepa.pdf]
*Pauliho princip [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Pauliho_princip.pdf]
*Symetrie a zákony zachování (verze 1 [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Symetrie-a-zakony-zachovani_1_Pepa.pdf], verze 2 [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Symetrie_a_zakony_zachovani_2_kuba.pdf])
*Štěpení hladin při snížení symetrie [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Stepeni_hladin_pri_snizeni_symetrie_kuba.pdf]
*Oddělení pohybu elektronů a jader [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Oddeleni_pohybu_e_a_jader_adam.pdf]
*Jednočásticová aproximace [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Jednocasticova_aproximace_adam.pdf]
*Hladiny atomů, molekul a pevných látek [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Hladiny_atom%C5%AF_molek_pev_petrSed.pdf]
*Typy vazeb v molekulách a kondenzovaných systémech [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Typy_vazeb_v_molekul%C3%A1ch_a_kondenzovan%C3%BDch_soustav%C3%A1ch_petrSed.pdf]
*Molekula vodíku [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Molekula_vod%C3%ADku_milos.pdf]
*Pauliho a Diracova rovnice [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Pauliho_a_Dirac_rovnice_milos.pdf]
*Orbitální a spinový moment hybnosti, jejich operátory a kvantování [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Orbitalni_a_spinovy_moment,_interakce_s_MG_a_EL_polem.pdf]
*[[Skládání momentů hybnosti]]
*[[Orbitální a spinový magnetický moment a jejich interakce s vnějším polem]]
*Druhé kvantování [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Druhe_kvantovani.pdf]
*Kvantování elektromagnetického pole [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Kvantovani_elmag_pole.pdf]
*Interakce elektromagnetického záření s látkou [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Interakce_elmag_z%C3%A1%C5%99en%C3%AD_s_l%C3%A1tkou_petrDvo.pdf]
*Zlaté pravidlo [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Zlatepravidlo_petrDvo.pdf]
*Absorpce, stimulovaná a spontánní emise [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Absorpce,_stimulovan%C3%A1_a_spont%C3%A1nn%C3%AD_emise_Martin.pdf]
*Výběrová pravidla (formát docx [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:V%C3%BDb%C4%9Brov%C3%A1_pravidla_Martin.docx] a formát pdf [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:V%C3%BDb%C4%9Brov%C3%A1_pravidla_Martin.pdf])
*[[Doby života kvantových stavů]]
*[[Šířka a tvar spektrální čáry]]
====Kvantová teorie molekul====
*[[Typy vazeb]]
*Bornova–Oppenheimerova a adiabatická aproximace [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Adiabat_aprox_a_born-opper.pdf]
*Vibrační a rotační spektra molekul [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Vibra%C4%8Dn%C3%AD_a_rota%C4%8Dn%C3%AD_spektra_molekul.pdf]
*Atomové a molekulové orbitaly [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Atomove_molekulove_orbitaly.pdf]
*Metoda LCAO a metoda valenčních vazeb [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Metoda_LCAO_valenc_vazb.pdf]
*Klasifikace elektronových hladin [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Klasifikace_elektronov%C3%BDch_hladin_milos.pdf]
*Hückelova metoda [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:H%C3%BCckelova_metoda.pdf]
*Hartreeho a Hartreeho–Fockovy rovnice [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Hatree_a_Hatree-Fock.pdf]
*Roothaanovy rovnice [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Roothaanovy_rovnice.pdf]
*Metoda konfigurační interakce [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Metoda_konfigura%C4%8Dn%C3%AD_interakce.pdf]
*Korelační energie [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:Korelacnienergie.pdf]
*Přehled ab initio a semiempirických metod (formát docx [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:P%C5%99ehled_Ab_Initio_a_semiempirick%C3%BDch_metod.docx] a formát pdf [http://wiki.matfyz.cz/index.php?title=File:P%C5%99ehled_Ab_Initio_a_semiempirick%C3%BDch_metod.pdf])
*[[Slabé mezimolekulové interakce]]
====Termodynamika a statistická fyzika molekulárních soustav====
*[[Termodynamická rovnováha, stavové veličiny, hlavní termodynamické věty a jejich důsledky]]
*[[Termodynamické potenciály, podmínky rovnováhy a stability, fázové přechody]]
*[[Popis nerovnovážných procesů]]
*[[Statistický popis stavu, distribuční funkce a matice hustoty]]
*[[Liouvilleova rovnice]]
*[[Gibbsovy stacionární soubory, souborové středování, stavová suma]]
*[[Klasické a kvantové systémy neinteragujících částic, ideální plyny]]
*[[Pauliho kinetická rovnice, zobecněná kinetická rovnice]]
====Základy molekulární fyziky====
*[[Typy základních intra- a intermolekulárních interakcí]]
*[[Konformace molekul]]
*[[Fázové stavy a přechody u molekulárních systémů]]
==Užší zaměření==
Student si volí okruh otázek odpovídající jeho zaměření.
===Biofyzika===
====Experimentální metody v biofyzice====
*[[Difrakce rentgenového záření, elektronů a neutronů]]
*[[Principy základních difrakčních metod]]
*[[Symetrie a struktura krystalů a jejich určení z difrakčního obrazu]]
*[[Mnohoatomová molekula, její stacionární stavy a přechody mezi nimi]]
*[[Teoretické základy optické spektroskopie]]
*[[Projevy mezimolekulárních interakcí v optických spektrech]]
*[[Technika optické spektroskopie]]
*[[Elektronová absorpční spektroskopie]]
*[[Vibrační spektroskopie (absorpční a Ramanova rozptylu)]]
*[[Rozptyl elastický, kvazielastický a Brillouinův]]
*[[Emisní spektroskopie]]
*[[Vlastní luminiscence biomolekul, fluorescenční sondy a značky]]
*[[Polarizované světlo v optické spektroskopii]]
*[[Časově rozlišená optická spektroskopie]]
*[[Mikroskopické techniky]]
*[[Gyromagnetická částice, jev magnetické rezonance]]
*[[Elektrické a magnetické momenty atomových jader, energie v elektrickém a magnetickém poli]]
*[[Jaderný paramagnetismus, relaxační procesy]]
*[[NMR spektroskopie vysokého rozlišení v kapalné a pevné fázi – spinový hamiltonián, typy interakci, projevy ve spektrech]]
*[[Dekapling, koherentní transfer polarizace, nukleární Overhauserův jev]]
*[[Jednodimenzionální a dvoudimenzionální pulzní NMR – koncepce, základní pulzní sekvence]]
*[[Zobrazování MR – principy, typy obrazů]]
*[[ESR, spinový hamiltonián a spektra]]
====Biochemie a molekulární biofyzika====
*[[Složení a struktura základních biomolekul (nukleové kyseliny, proteiny, sacharidy)]]
*[[Termodynamika fosfátových sloučenin]]
*[[Metabolizmus cukrů: Glykolýza a glykolytické reakce]]
*[[Kvašení - anaerobní odbourávání cukrů]]
*[[Pentozový cyklus]]
*[[Glukoneogeneze a Coriho cyklus]]
*[[Aerobní odbourávání cukrů]]
*[[Vznik acetylkoenzymu A]]
*[[Citrátový cyklus a jeho amfibolická povaha]]
*[[Termodynamika přenosu elektronů - redoxní potenciály]]
*[[Transport elektronů v dýchacím řetězci]]
*[[Oxidativní fosforylace - syntéza ATP]]
*[[Fotosyntéza]]
*[[Biologické membrány, selektivní permeabilita biologických membrán, typy transportu biologickou membránou]]
*[[Buňka – struktura bakteriálních a eukaryotických buněk, organely, cytoskelet, buněčné dělení, reakce buňky na vnější signály]]
*[[Molekulární genetika – genetická informace a její tok, metabolizmus DNA, genová exprese (transkripce, post-transkripční modifikace, translace), vnitrobuněčná distribuce a úpravy proteinů, regulace genové exprese]]
*[[Metody studia DNA (sekvenace) a genové exprese (na úrovni mRNA i proteinu), genové inženýrství (rekombinantní DNA in vitro, transgenoze organizmů)]]
*[[Přenos energie na buněčné úrovni]]
*[[Přenos chemické energie]]
*[[Typy transportu biologickou membránou]]
*[[Bioelektrické jevy]]
*[[Dýchání a fotosyntéza, struktura a funkce antén a reakčních center, energetika transportu elektronů a protonů]]
*[[Role singletního kyslíku ve fotosyntéze a ve fotodynamické terapii]]
*[[Přeměna chemické energie v mechanickou]]
*[[Bioenergetika vidění]]
===Chemická fyzika===
====Experimentální metody====
Difrakce rentgenového a synchrotronového záření, elektronů a neutronů. Principy základních difrakčních metod. Symetrie a struktura krystalů a jejich určení z difrakčního obrazu. Elektronová mikroskopie. Magnetická rezonance. Princip spektrometru. Spektra NMR organických látek. EPR volných radikálů. Teoretické základy a technika optické spektroskopie. Mnohoatomová molekula, rotační, vibrační a elektronové stavy molekul. Měření absorpčních spekter. Vibrační absorpční spektroskopie a chiroptické metody. Rozptyl elastický, kvazielastický, Ramanův. Metody emisní spektroskopie. Přechody v mnohaelektronových molekulách. Kinetika luminiscence a kvantový výtěžek. Polarizovaná luminiscence. Vliv mezimolekulárních interakcí na parametry luminiscence. Teoretická interpretace optických spekter.
====Struktura kondenzovaných soustav a spektroskopické metody====
Struktura a symetrie molekul, biopolymerů, nadmolekulárních struktur a pevných látek. Určování struktur molekul a pevných látek. Kinetika chemických reakcí, katalýza. Laserové spektroskopické metody. Časově rozlišená optická spektroskopie. Ozónová díra a singletní kyslík.
===Teorie molekulárních systémů===
====Molekulární simulace v chemické fyzice====
Molekulární mechanika a dynamika. Empirická silová pole. Strategie modelování supramolekulárních systémů a krystalů a predikce jejich fyzikálních, chemických a biologických vlastností. Aplikace v materiálovém výzkumu. Porovnání modelů s experimentem.
====Ab initio výpočty v chemii a biochemii====
Metody výpočtu korelačních energií: konfigurační interakce, vázané klastry, poruchová teorie. Aplikace na biochemické systémy a slabé mezimolekulové interakce. Klasická a kvantová molekulová dynamika. Symetrie molekul.
====Základy molekulární spektroskopie====
Přehled hlavních spektroskopických metod. Elektronová spektroskopie organických molekul. Vlastnosti a deaktivace excitovaných stavů. Teoretická interpretace experimentálních výsledků.
