Matfyz je fakulta dosť rozhádzaná po Prahe a tak sa matfyzák musí niekedy často medzi budovami presúvať, najmä v počiatkoch svojho štúdia. Časom sa väčšina matfyzákov nakoniec ustáli v jednej budove, kde zvykne zotrvať až do konca štúdia.

Jednotlivými lokalitami sú Malá Strana, Karlín, Trója, Karlov a Hostivař. Niekedy sa pridáva aj Kolej/Menza, kde sa kedysi tiež učilo (učebne označené písmenom E).

Malá strana

Hlavný článok: Malá strana

Malostranské náměstí 25, Praha 1

Zastávka MHD: Malostranské náměstí

Učebny jsou na Malostranském náměstí, právě když jejich označení začíná "S".

V tejto budove sídlia informatici a všetky ich katedry.

Sídli SISAL a je tu najkrajší lab zo všetkých.

Karlov

Hlavný článok: Karlov

Ke Karlovu 3, Ke Karlovu 5, Praha 2

Zastávka MHD: Dětská nemocnice Karlov (alebo pešo z I.P. Pavlova)

Označenie Karlov zahŕňa dve budovy: dekanát a fyzikálny ústav. Každá z nich má označenie učebieň iným písmenom. Učeňa je v dekanáte (Ke Karlovu 3) práve keď jej označenie začína M. Učeňa je vo fyzikálnom ústave (Ke Karlovu 5) práve keď jej označenie začína F.

Do fyzikálneho ústavu sa pravdepodobne v rámci výuky nefyzik nedostane. Do dekanátu sa zasa každý matfyzák pravidelne vracia, pretože tu sídli štúdijné oddelenie. V budove děkanátu je aj najväčšia učebňa matfyzu: M1. Sídli tu aj výdajné centrum preukazov UK.

Karlín

Hlavný článok: Karlín

Sokolovská 83, Praha 8

Zastávka MHD: Křižíkova

Budova matematickej sekcie. Tu sa zdržujú matematici najčastejšie. Nematematici tu zavítajú najčastejšie kvôli niektorej matematickej skúške alebo kvôli niektorým jazykom. Na Karlíne je aj reprografické stredisko fakulty.

Učebňa je na Karlíne práve keď jej označenie začína písmenom K.

Trója

Hlavný článok: Trója

V Holešovičkách 2, Praha 8

Zastávka MHD: Kuchyňka

Areál niekoľkých budov. Nachádza sa v Libni, ale zaužívalo sa označenie Trója. Z väčšej časti obývaný fyzikmi, ale dostane sa tu aspoň raz každý, pretože v týchto budovách prebieha povinná výuka anglického jazyka (a vybavuje sa tu jeho uznávanie). Okrem toho je v Tróji výdajňa skrípt. Učebne v Tróji majú označenie začínajúce T.

Hostivař

Bruslařská 10, Praha 10

Zastávka MHD: Gercenova

Oficiálny názov je Sportovní centrum Univerzity Karlovy (skrátene SCUK) a je to miesto, kde prebieha výuka telesnej výchovy. Keďže telesná výchova je povinná, dostane sa tam každý. Tento areál nie je matfyzácky. Sídlia tu katedry telesnej výchovy mnohých fakúlt.

Rektorát

Pravdepodobne posledným miestom kam matfyzák zavíta na univerzite je rektorát. Ovocný trh 5, Praha 1. V rektoráte prebieha imatrikulácia a magisterské promócie. Dostaneme sa tam buď od metra B z Náměstí republiky alebo Z metra A a B z Můstku podľa turistických značiek k Stavovskému divadlu. Rektorát je v jeho tesnej blízkosti.